Institut Bergonié
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EQUIPE SARCOMES

FREDERIC CHIBON

 

Introduction

 Les projets que l’équipe « Génétique et Biologie des Sarcomes » de l’unité U916 a développés durant l’année 2014 peuvent se diviser en deux axes majeurs :
Décrire et comprendre la génétique des sarcomes
Transférer vers la prise en charge des patients les données issues de la recherche. Ainsi notre équipe vise trois objectifs majeurs :
   - Étudier de la manière la plus exhaustive possible le génome des sarcomes. Pour ce faire nous avons initié deux importants projets basés sur le séquençage dit de « nouvelle génération » (NGS) portant sur les sarcomes à génétique complexe :
ICGC-LMS : Projet réalisé dans le cadre du consortium mondial ICGC visant à la caractérisation exhaustive du génome et du transcriptome des cancers. Nous étudierons dans ce projet 200 leiomyosarcomes. Le projet est soutenu et financé par l’INCa.
Nous transférons des puces d’expression vers le RNAseq la signature pronostic CINSARC que nous avons publiée et brevetée en 2010. 150 sarcomes sont étudiés en RNAseq dans ce projet financé par la SATT.
- Identifier les mécanismes à l’origine de l’expression d’une signature pronostique identifiée dans l’équipe. Un mécanisme est en cours d’étude dans un modèle cellulaire séquentiel de la sarcomagenèse.
- Identifier de nouvelles cibles thérapeutiques, des signatures prédictives de la réponse à la chimiothérapie et les mécanismes impliqués dans la résistance à la thérapie ciblée. Dans cet objectif, nous avons développé une plateforme de tests précliniques basée sur un panel de 25 lignées de sarcome établies et caractérisées au laboratoire. Nous étudions actuellement en particulier la résistance secondaire établie suite au traitement les Nutlins, inhibiteur de MDM2 amplifié et surexprimé dans les liposarcomes dédifférenciés.

L’ensemble de ces projets ont nécessité un fort développement de la bioinformatique (structure et personnel) dans notre équipe. Enfin, ces projets sont développés dans la continuité de notre interaction avec les pathologistes et cliniciens du Groupe Sarcome Français pour un transfert rapide et efficace au bénéfice du patient. 

 

Publications originales, revues, éditoriaux, conférences

ARTICLES ORIGINAUX

Chakiba C, Lagarde P, Pissaloux D, Neuville A, Brulard C, Pérot G, Coindre JM, Terrier P, Ranchère-Vince D, Ferrari A, Collini P, Suurmeijer AJH, Blay JY, Aarab-Terrisse S, Piperno-Neumann S, Averous G, Bui BN, Orbach D, Italiano A, Chibon F. Response to chemotherapy is not related to chromosome instability in synovial sarcoma. Ann Oncol 2014 ; 25 : 2267-71 (IF : 6.578, SIGAPS : A).

Cohen-Gogo S, Cellier C, Coindre JM, Mosseri V, Pierron G, Guillemet C, Italiano A, Brugieres L, Orbach D, Laurence V, Delattre O, Michon J. Ewing-like sarcomas with BCOR-CCNB3 fusion transcript: a clinical, radiological and pathological retrospective study from the Société Française des Cancers de L’Enfant. Pediatr Blood Cancer 2014 ; 61 : 2191-8 (IF : 2.562, SIGAPS : C).

Gits CM, van Kuijk PF, Jonkers MB, Boersma AW, Smid M, van Ijcken WF, Coindre JM, Chibon F, Verhoef C, Mathijssen RH, den Bakker MA, Verweij J, Sleijfer S, Wiemer EA. MicroRNA expression profiles  distinguish liposarcoma subtypes and implicate miR-145 AND miR-451 as tumor suppressors. Int J Cancer 2014 ; 135 : 348-61 (IF : 5.007, SIGAPS : B).

Karanian M, Pérot G, Coindre JM, Chibon F, Pedeutour F, Neuville A. Fluorescence in situ hybridization analysis is a helpful test for the diagnosis of dermatofibrosarcoma protuberans. Mod Pathol 2014 ; doi: 10.1038/modpathol.2014.97. Epub 2014 Aug 1 (IF : 6.364, SIGAPS : A).

Le Guellec S, Chibon F, Ouali M, Pérot G, Decouvelaere AV, Robin YM, Larousserie F, Terrier P, Coindre JM, Neuville A. Are peripheral purely undifferentiated pleomorphic sarcomas with MDM2 amplification dedifferentiated liposarcomas? Am J Surg Pathol 2014 ; 38 : 293-304 (IF : 4.592, SIGAPS : A).

Le Loarer F, Zhang L, Fletcher CD, Ribeiro A, Singer S, Italiano A, Neuville A, Houlier A, Chibon F, Coindre JM, Antonescu CR. Consistent SMARCB1 homozygous deletions in epithelioid sarcoma and in a subset of myoepithelial carcinomas can be reliably detected by FISH in archival material. Genes Chromosomes Cancer 2014 ; 53 : 475-86 (IF : 3.836, SIGAPS : C).

Neuville A, Chibon F, Coindre JM. Grading of soft tissue sarcomas : from histological to molecular assessment. Pathology 2014 ; 46 : 113-20 (IF : 2.62, SIGAPS : C).

Neuville A, Collin F, Bruneval P, Parrens M, Thivolet F, Gomez-Brouchet A, Terrier P, Thomas de Montpreville T, Le Gall F, Hostein I, Lagarde P, Chibon F, Coindre JM. Intimal sarcoma is the most common primary cardiac sarcoma: clinicopathologic and molecular study of 100 primary cardiac sarcomas. Am J Surg Pathol 2014 ; 38 : 461-9 (IF : 4.592, SIGAPS : A).

Pérot G, Mendiboure J, Brouste V, Velasco V, Terrier P, Bonvalot S, Guillou L, Ranchère-Vince D, Aurias A, Coindre JM, Chibon F. Smooth muscle differentiation identifies two classes of poorly differentiated pleomorphic sarcomas with distinct outcome. Mod Pathol 2014 ; 27 : 840-50 (IF : 6.364, SIGAPS : A).

Skubitz KM, Skubitz AP, Xu WW, Luo X, Lagarde P, Coindre JM, Chibon F. Gene expression identifies heterogeneity of metastatic behavior among high-grade non-translocation associated soft tissue sarcomas. J Transl Med 2014 ; 12 : 176 (IF : 3.991, SIGAPS : B).

Toulmonde M, Bonvalot S, Ray-Coquard I, Stoeckle E, Riou O, Isambert N, Bompas E, Penel N, Delcambre-Lair C, Saada E, Le Cesne A, Le Péchoux C, Blay JY, Piperno-Neumann S, Chevreau C, Bay JO, Brouste V, Terrier P, Ranchère-Vince D, Neuville A, Italiano A. Retroperitoneal sarcomas: patterns of care in advanced stages, prognostic factors and focus on main histological subtypes: a multicenter analysis of the French Sarcoma Group. Ann Oncol 2014 ; 25 : 730-4 (IF : 6.578, SIGAPS : A).

Wozniak A, Rutkowski P, Schöffski P, Ray-Coquard I, Hostein I, Schildhaus HU, Le Cesne A, Bylina E, Limon J, Blay JY, Siedlecki JA, Wardelmann E, Sciot R, Coindre JM, Debiec-Rychter M. Tumor genotype is an independent prognostic factor in primary gastrointestinal stromal tumors of gastric origin: A European multicenter analysis based on ConticaGIST. Clin Cancer Res 2014 ; 20 : 6105-16 (IF : 8.193, SIGAPS : A).

 

Vue complète des projets de l'année en cours : cliquer ici

Articles parus dans notre revue Bergonews
  •  Pour lire l'article "Découverte d'une signature génétique, une grande avancée dans la recherche sur les sarcomes" extrait du Bergonews n°13 : cliquer ici
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Vue complète des projets 2013 : cliquer ici 
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Vue complète des projets 2011  : cliquer ici

 

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